El servidor apache, té una estructura de fitxers de configuració repartida en varis directoris. Els més importants són el fitxer /etc/apache2/apache2.conf i els directoris sites-enabled i mods-enabled. Els fitxers de configuració es separen en apartats on es defineixien les diferents opcions que permet el servidor (directoris web, hosts virtuals, ports per defecte etc..).

Les directives de configuració de l'apache són moltes, i arribar a dominar-los totes, pot ser sovint complicat, en el següent enllaç podreu trobar detallades cadascuna de les diferents opcions (valor per defecte, opcions que suporta etc...)