Els fitxers de configuració, no deixen de ser un conjunt de paràmetres que un programa o servei fa servir per funcionar d'una manera o d'una altra, així doncs, no es pot escriure de qualsevol manera, sinó que s'ha de mantenir l'estructura que el programa que llegeix el fitxer de configuració espera. Per tal de poder escriure notes, o els mateixos comentaris que el propi fitxer ja porta per ajudar a l'administrador, en la majoria de casos, quan la línia comença amb #, s'interpreta com un comentari i pel programa, és com si aquella línia no hi fos.
Alguns fitxers de configuració, són sensibles pel que fa a la indentació, això és les tabulacions o espais que hi ha des de la primera columna.
És molt recomanable de fer còpies de seguretat dels fitxers de configuració abans de realitzar cap canvi, així, sempre es pot tornar a la configuració original del sistema.