L'apache té una configuració modular que permet, per exemple, tenir separat el mòdul que interpreta codi PHP, del mòdul que proporciona autenticació per LDAP, o del que proporciona la capa segura SSL. En aquest enllaç http://httpd.apache.org/docs/2.2/es/mod/ podeu veure un llistat dels mòduls separats per seccions.

Igual com amb les sites, els mòduls també es configuren via els directoris mods-available i mods-enabled, així podem canviar la configuració quan vulguem.