Els dos motors de bases de dades més coneguts en el món del programari lliure són MySQL (http://www.mysql.com) i PostgreSQL (http://www.postgresql.org). Tots dos disposen d'una interfície php per a gestionar-les, phpmyadmin i phppgadmin respectivament.

Els motors gestors de bases de dades tenen definits uns usuaris que poden administrar el sistema, i d'altres que només tenen permís per realitzar certes operacions en certes bases de dades. Tot aquest control és feina de l'administrador, i a més a més, existeixen els fitxers de configuració on per exemple s'indica per quin port s'ha d'escoltar, des de quins hosts es permet l'accés i altres opcions concretes. Per defecte el servidor de bases de dades mysql escolta pel port 3306 i el postgresql pel 5432.