Debian ens permet instal·lar un nucli que hàgim compilat com si es tractés d'un paquet més. Això és molt útil ja que aquest mecanisme ja realitza totes les tasques necessàries com per exemple incloure l'entrada al gestor d'arranc per poder posar en marxa el sistema amb aquest nou nucli.

El nucli té un fitxer de configuració associat on se li especifica quines funcionalitats han d'estar actives i amb quines opcions. Els diferents apartats de la configuració del nucli poden compilar-se per formar part del nucli, o per funcionar com a mòduls, de manera que només quan siguin necessaris el sistema els haurà de carregar.

Per compilar el nulci, és necessari, evidentment, el codi font del mateix. Els sistemes basats en Debian, tenen disponible ja com a paquet el codi font del nucli. També existeixen nuclis precompilats com a paquets, de manera que per tenir un nucli més nou, no fa falta descarregar-se el codi font i compilar-lo, sinó n'hi ha prou instal·lant el paquet corresponent. Si tenim un ordinador amb HiperThreading, és aconsellable instal·lar un nucli que tingui suport SMP (Symmetric Multi-Processors).

En alguns casos, com per exemple per fer funcionar una tarja PCMCIA inalàmbrica, no fa falta tenir el codi font del nucli, sinó simplement les capçaleres i el codi font de controlador del dispositiu. Amb això, ja es pot compilar el controlador i tenir-lo disponible com a mòdul del nucli, que es carregarà quan sigui necessari.